Η αλλογενής μεταμόσχευση αρχέγονων αιμοποιητικών κυττάρων αποτελεί θεραπεία σωτηρίας αρκετών σοβαρών αιματολογικών, νεοπλασματικών και γενετικών νοσημάτων, τα οποία δεν μπορούν να αντιμετωπιστούν με άλλο τρόπο. Τέτοια είναι διάφοροι τύποι λευχαιμιών, μυελοδυσπλαστικών συνδρόμων, λεμφωμάτων, η απλαστική αναιμία, κληρονομικές ανοσοανεπάρκειες, μεταβολικά νοσήματα, μεσογειακή αναιμία, δρεπανοκυτταρική αναιμία κ.α. Στόχος είναι η αντικατάσταση του παθολογικού μυελού των οστών με υγιή κύτταρα, τα οποία δημιουργούν στο λήπτη ένα νέο, υγιές αιμοποιητικό σύστημα.
Προϋπόθεση για τη μεταμόσχευση είναι η ύπαρξη κατάλληλου συμβατού συγγενούς ή μη συγγενούς εθελοντή δότη, δηλαδή ενός ατόμου με ομοιότητα ως προς τα αντιγόνα ιστοσυμβατότητας (HLA). Τα αντιγόνα αυτά είναι μόρια που εκφράζονται πάνω στα κύτταρα, είναι κληρονομικά και αποτελούν την ιστική ταυτότητα του κάθε ατόμου. Επειδή τα HLA αντιγόνα έχουν μεγάλη ποικιλομορφία η ανεύρεση δύο ατόμων με απόλυτη συμβατότητα είναι δύσκολη.